Es una de las épocas más irregulares que ha tenido el club durante su historia especialmente porque el equipo estuvo cerca del descenso en las temporadas 2001-2002 (se terminó décimo en la tabla general evadiendo el descenso en las instancias finales), 2003-2004 (el Club echó mano de cinco directores técnicos, la institución brumosa vivió la campaña 2003-2004 en medio de una peligrosa tempestad, camisetas de futbol baratas con un equipo que desde el principio permaneció sumergido en el fondo de la tabla. La final de 1979, en el antiguo Estadio Nacional frente al Club Sport Herediano marcó un récord de asistencia en el fútbol costarricense, con una concurrencia que superó las 24 mil 400 personas. Entre las figuras grandes de Cartaginés en esos años sobresalen: Julio Morales, Wally Vaughns, Rodolfo «Bobby» Álvarez, Víctor Monge, Mario Esquivel, Gilberto “Beto” Ugalde, Herberth Quesada, Carlos Solano, Alfonso Brenes, Rafael Solano, José «Rudo» Calderón, Álvaro Cascante, Hilario Falcón, Héctor Coto, Hernán Morales, Walter Elizondo, Alfredo Piedra, el argentino Ricardo Carreño y el peruano Augusto Palacios, considerados por muchos como los dos mejores extranjeros que han defendido los colores del club.
En la línea defensiva destacaron la fuerza de Hilario Falcón y Fernando Montero, la elegancia de José Chan, la solvencia de Edwin “Sarapiquí” Salazar y la eficacia de Alberto Tencio. La línea media estuvo a cargo de Carlos Bolaños, Geovanny Alfaro, José Astúa y el inteligente Enrique Mora. Resto del Plantel: César Chacón, Francisco Rojas, Martín Estrada, Alexánder Gómez, Rolando Marchena, Cristian Mena, Juan Luis Parra, Enrique Smith, Humberto Brenes, Carlos Mario Hidalgo, Francisco Acuña, Norman Gómez, Érick Rodríguez, Heriberto Quirós. El Club contrató los servicios del técnico Juan José Gámez, a quien se le encomendó el diseño y ejecución de un plan que condujera a retornar a la Primera División en un proceso de 2 años. Durante los años ochenta se hizo habitual que el Zürich terminase la liga en la zona media de la tabla, hasta que finalmente perdió la categoría al término de la temporada 1987/88. Fueron necesarios dos años en la Nationalliga B para poder regresar a la primera división. Los buenos momentos del CSC, de los años 1965-1966 quedaron en el recuerdo durante 1967, año en que el equipo bajó de posiciones intermedias de la tabla. La cadena de desaciertos en que incurrió el CSC, se extendió a lo largo de todo el campeonato del año 1982, durante el cual el equipo utilizó una cifra récord de cinco directores técnicos.
En el año 1996 además del subcampeonato de la Copa Interamericana, segunda camiseta liverpool 2024 el equipo obtuvo dos subcampeonatos más (en el torneo de copa y en el campeonato nacional). La temporada 2002-2003 fue la mejor campaña durante esta etapa, alcanzando el tercer lugar del campeonato, además fue el campeonato en el cual el delantero uruguayo Claudio Ciccia tuvo para el Cartaginés una memorable actuación que le llevó a botar varias marcas nacionales: Se convirtió en el mejor goleador del CSC en un torneo, máximo artillero del campeonato con 41 goles y emergió como el extranjero con más goles en un solo torneo. En el campo, Paul Breitner y la joven promesa Karl-Heinz Rummenigge, hicieron que el club fuese llamado como el «FC Breitnigge», ya que ambos condujeron al equipo hacia los títulos de la Bundesliga en 1980 y 1981. En 1982 se jugó la final de copa ante el Núremberg, donde después de ir perdiendo 0:2, el Bayern remontó y acabó ganando por 4:2 -Dieter Hoeneß con la cabeza ensangrentada, y cubriéndose la herida con un vendaje marcó un gol-.
El mayor éxito del club llegó el 24 de abril de 1912, cuando ante el West Bromwich Albion se consagraron campeones de la Copa de Inglaterra. Portero del Año; un grupo de fans de Liverpool, «The Trophy Boyz», grabó un sencillo tributo novedoso llamado «Du the Dudek», que se convirtió en un éxito entre los 40 primeros en el Reino Unido. En 1947 se jugó en Hampden Park un partido entre un equipo del Reino Unido y uno del resto del mundo para celebrar la reconciliación. La afición parecía ya recuperada de la decepción que dejó los torneos anteriores, que una vez más vio escaparse un título nacional, a pesar del gran rendimiento y espectáculo demostrado por el equipo. Lim no invirtió más dinero tras haber invertido 100 millones en una ampliación de capital que cubrió completamente, al margen de la compra accionarial. En la hexagonal final que disputó el Cartaginés para buscar el regreso a la Primera, se obtuvo un excelente rendimiento que le dio el primerísimo lugar en forma invicta. En el campeonato de Verano 2013 el equipo disputó la final contra el Club Sport Herediano, tras un campeonato impecable, donde estuvo en primer lugar de la tabla en las primeras jornadas.
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