Ya con el Cruz Azul en el máximo circuito, el 30 de agosto de 1964 en el Estadio 10 de Diciembre, se disputó el primer partido de carácter oficial, el América nuevamente se llevó el triunfo por 1 a 2, con un autogol de Francisco Ulibarri y una anotación de Alfonso Portugal, por parte de los Cementeros descontaría Hilario Díaz. Una votación abierta durante toda la temporada en la web del periódico sirvió para seleccionar a los finalistas del trofeo, cuyo ganador fue elegido entre estos por un jurado de trece expertos, presidido por Alfredo Di Stéfano e integrado por Fabio Capello, Andoni Zubizarreta, José Eulogio Gárate, Emilio Butragueño, Manuel Díaz Vega, Fernando Hierro, Luis Suárez, Quini, Johan Cruyff, Zinedine Zidane, Santiago Segurola, Amalio Moratalla y Eduardo Inda. A partir de la temporada 1994/95 se estableció el actual sistema de puntuación, otorgando 3 puntos por cada victoria. El actual sistema de torneos cortos fue implementado a partir del ciclo futbolístico 1996-97. Cada uno cuenta con su propia clasificación y fase final; únicamente el calendario y la definición del descenso permanecen unificadas en un mismo ciclo.
Gol de oro → Entre el Invierno 1996 y el Clausura 2004 se utilizó este sistema vigente en todo el mundo desde el ciclo 1996-97. Consistía en declarar el fin del partido, y en consecuencia a un ganador, cuando un equipo anotara el primer gol de los tiempos extra. Entre el Invierno 1996 y el Clausura 2012, las fases previas a la final (repechaje, cuartos de final y semifinales) se definían por «mejor posición en la tabla general», es decir, clasificaba en caso de empate global, el equipo mejor ubicado en la clasificación de la fase regular. En caso de empate en el marcador global, para las rondas de cuartos de final y semifinal, el único criterio de desempate es la posición en la tabla general al final de la fase regular; así pues, el equipo que haya realizado más puntos, o en su defecto, esté mejor ubicado en la clasificación, es quien avanzará a la siguiente ronda. La clasificación correspondía a los equipos ubicados en los dos primeros lugares de cada grupo, sin importar su posición en la tabla general. El formato consistía en series a visita recíproca entre aquellos equipos involucrados con las condicionantes mencionadas, es decir, el sublíder de grupo se enfrentaría a aquel club que lo hubiera superado en puntos en otro grupo, y no fuera el sublíder de este; todo ello respetando la posición en la tabla general para la definición del rol de juegos, y considerando los mismos criterios de desempate vigentes de las rondas subsecuentes.
A partir de 2017, la Superliga deja de dar cupo al ganador a la Copa Sudamericana, debido al nuevo formato de disputa de esta. Sin embargo en 1991-92 surgió el formato de repechaje o reclasificación, para que equipos con mayor puntaje que los sublíderes de grupo, pudieran acceder a la fase de cuartos de final. En 1974-75 se disputó una liguilla grupal de cuatro equipos, participaron los líderes y sublíderes de los dos grupos de la campaña regular. En 1971-72, 1972-73 y 1973-74 solo se disputaron semifinales entre líderes y sublíderes de grupos, equipacion betis bebe para luego dar paso a la final. Partido único en cancha neutral → En 1971-72, fue la única ocasión que el reglamento predeterminó una sola sede para el juego final, al estilo de la Copa México, y designando al Estadio Azteca para dicho fin. De manera coincidente serían dos de sus residentes quienes alcanzaron dicho encuentro. Con la creación de la Segunda División de México en 1950, se instituyó la disputa por el ascenso-descenso en el máximo circuito a partir de la temporada 1950-51. Entre las temporadas 1950-51 y 1967-68 el descenso se definió de la manera tradicional: el último lugar de la tabla general se iba a Segunda División.
De las temporadas 1970-71 a 1974-75 los equipos fueron divididos en dos grupos; a partir de la temporada 1975-76 y hasta 2003-04 se repartieron en cuatro (salvo los mencionados casos de los torneos PRODE 1985 Y México 1986); y del ciclo 2004-05 hasta la temporada 2010-11 los grupos solo fueron tres, por lo que en este caso la clasificación correspondía a los dos primeros lugares de cada grupo, y los dos mejores terceros lugares. De acuerdo con los reglamentos vigentes, en los casos de empate en marcador global, el criterio de desempate en liguilla ha variado, incluso siendo distintos para las fases previas (reclasificación, cuartos de final y semifinales) y para la final. Tiempos extras y penales → Desde la temporada 1975-76 hasta la temporada 1982-83, y en los torneos cortos de 1985-86. Sin embargo, solo hubo necesidad de disputar tiempos extras en 1981-82, 1982-83, Torneo Prode 1985 y el Torneo México 1986; en los dos primeros casos, incluso se disputaron las tandas de penales, en el resto de las finales de este periodo no existió empate global. El objetivo de este nuevo código era el de facilitar la disputa de encuentros oficiales entre representantes de Australia e Irlanda. Este criterio definió la clasificación a la final de U. de G. en detrimento de América.
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