En la Copa Colombia el balance fue incluso más desalentador, disputó 10 partidos de los cuales sólo ganó 4 y empató 6. El técnico antes de irse del plantel dio su balance respecto al tema de indisciplina, a su vez hubo la salida de otros jugadores: Dayro Moreno, hacia el fútbol mexicano, Diego Amaya y Andrés Felipe González que terminaron contrato. Junior cumple malas campañas debido a la salida de sus principales figuras y su no reemplazo dentro de la nómina. Las directivas mantuvieron a Oscar Héctor Quintabani en su cargo hasta el final del campeonato, donde Junior terminó 15° con 19 puntos, siendo esta una de las peores campañas que el club ha realizado en su historia. El periódico del Estadio del 1. FC Colonia es el «Billy Goat Echo», que tiene una larga tradición como revista oficial del club. Del Solar ganó el Torneo Clausura y luego el Título nacional en partido definitorio ante Cienciano en la ciudad de Arequipa. El primer partido se disputó en la ciudad de Barranquilla frente al conjunto Atlético Nacional donde el conjunto tiburón se impuso (1:0) sobre el conjunto verdolaga. En los cuadrangulares semifinales, queda ubicado en el grupo A, escoltaldo a: Atlético Nacional, Santa Fe e Itagüí F.C..
Pero había más. Y es que, por analogía, camiseta del valencia 24/25 la muerte del astro argentino le daba pie a cuestionarse su afición por el Atlético. Deciden dar continuidad al proceso que llevaba el técnico argentino Miguel Ángel López. En el Apertura 2014, llegan al equipo: William Tesillo, Yhonny Ramírez, Matías Bolatti (argentino), Luis Quiñónes, Jorge Aguirre y Martín Arzuaga. Al final del año salen del equipo Jorge Casanova, Román Torres y Hayder Palacio. Después de 3 fechas del campeonato, donde se consiguió una derrota 0 a 3, un empate 0 a 0 y una victoria 4 a 0, Jorge Luis Pinto dejaría la dirección técnica tan solo 3 meses después de asumirla al aceptar una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazante sería Jorge Luis Pinto. Su reemplazo sería José Eugenio «Cheché» Hernández recomendado por el mismo Pinto. José María Quintano dimitió tras el escándalo y la presión social. Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viafara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otalvaro, y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Páez. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logra el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas).
En la Copa Libertadores 2012 queda eliminado en fase de grupos al terminar tercero del grupo 3 con 7 puntos, 3 menos que los líderes Unión Española y Bolívar. De todas formas, pese a que con el paso de las semanas aumentarán las filtraciones y los rumores, habrá que esperar al anuncio oficial del club. Para comenzar el segundo semestre, Junior tenía la cita de la Superliga, enfrentando a Nacional, campeón del Torneo Apertura 2011. Junior perdería los dos partidos 1-3 en Barranquilla y 3-0 en Medellín, siendo superado ampliamente por los antioqueños con un global de 6-1 y quedando subcampeón de dicho torneo. En cuartos, enfrenta a Pasto, perdiendo 2-3 en Barranquilla y 3-0 en Pasto, quedando eliminado de la competición. Por la Copa Colombia, Junior enfrenta al Once Caldas empatando 1 a 1 ambos juegos (en Manizales y Barranquilla) y clasificando a los cuartos de final al ganar 4-3 en los penales.
En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a un juez de línea. En los cuartos de final enfrentaron a Valledupar empatando 0 a 0 en Barranquilla y 1 a 1 en Valledupar definiendo nuevamente la serie desde la tanda de penales, que finalmente volverían a ganar por resultado 2-4. En las semifinales enfrentaban a Millonarios perdiendo 3-0 en Bogotá y empatando 0-0 en Barranquilla quedando eliminados del certamen. En la Copa Colombia enfrenta a Equidad en octavos, empatando 0-0 en Barranquilla y ganando 1-2 en Bogotá (resultado histórico dado que Junior nunca había podido marcar goles en Bogotá contra ese equipo). Carlos Bacca logra consagrarse por 2° vez goleador de este torneo, esta vez con 8 goles (compartiendo el título con Oscar Iván Méndez del Real Cartagena). Debido a todos estos resultados del 2012, la directiva decide no renovar el contrato de «Cheché» Hernández para el 2013. Igualmente, sale del equipo Teófilo Gutiérrez. Ante la mala campaña en el primer semestre y el desastre de la Superliga, se hace un esfuerzo económico grande para contratar figuras de talla internacional como Teófilo Gutiérrez (que volvía al equipo después de 2 años y medio de trayectoria internacional) y Dayro Moreno (procedente de México), y otras de figuración nacional como Carlos Rentería (dos veces Botín de Oro en Colombia) y Diego Amaya, camisetas de futbol baratas convirtiéndose en el equipo más costoso de Colombia en ese momento.