El 6 de abril de 1949, la Selección disputa su primer juego en la era profesional por el Campeonato Sudamericano, cayendo 0-3 contra Paraguay. En 1963, Colombia volvió a participar en el Campeonato Sudamericano, en el que había participado por última vez en la edición de 1957. Con la presentación de una formación reestructurada (solo la línea ofensiva era sustancialmente la misma) Colombia perdió el primer partido contra Argentina (2-4). La competencia terminó con cinco derrotas y un empate obtenido ante Perú el 24 de marzo (1-1), terminando en el último lugar en la clasificación. En septiembre de 1963, el equipo disputó dos partidos amistosos contra Costa Rica, perdiendo el primero y ganando el segundo. En 1972, la selección de Colombia jugó cinco partidos, dos de ellos válidos para la Copa Independencia de Brasil, mientras que el resto fueron amistosos con Perú y Venezuela. En 2015, iniciaría un nuevo proceso de cara a la Copa Mundial 2018, ya sin la presencia de experimentados como Mario Yepes, Luis Amaranto Perea o Faryd Mondragón, la selección participó de la Copa América realizada en Chile, siendo ubicada en el grupo C junto a las selecciones de Brasil, Perú y Venezuela; con una actuación irregular en su grupo, la selección clasificó a los cuartos de final como uno de los mejores terceros, culminando su participación tras enfrentar en la siguiente ronda a Argentina, siendo eliminada por esta en la tanda de penales.
Otro logro histórico fue el partido de clasificación Argentina-Colombia para la Copa Mundial de Fútbol 1994, en el que la Selección de Colombia goleó 5-0 a su similar de Argentina en Buenos Aires el 5 de septiembre de 1993, convirtiéndose hasta ahora en la única selección en anotarle cinco goles a la selección de Argentina como visitante, asegurando la clasificación al Mundial de Estados Unidos 1994. La selección de 1994, quizá la más destacada de esta generación, fue dada como favorita para ganar el Mundial de Estados Unidos por varios especialistas del fútbol como Pelé, quien manifestó que «Colombia es mi selección favorita para ser campeona del mundo». En 2016, Colombia disputó dos jornadas más de la Eliminatoria antes de jugar en Estados Unidos la edición especial de la Copa América, que por primera vez se celebró en un territorio diferente a Suramérica, enfrentando además de los equipos de la Conmebol a los seis mejores de la Concacaf. A nivel internacional, el Olimpia es el club más exitoso de la liga, al haber obtenido dos títulos de CONCACAF y una clasificación al mundial de clubes. Si bien se redujeron las noticias sobre esta tras los acuerdos alcanzados entre clubes y la UEFA hasta 2021, la idea se mantuvo presente entre los clubes a favor de una profunda reestructuración.
Esta situación de la libertad interna duró hasta 1951, año en el que el «Pacto Lima» entre la FIFA y la Dimayor previó el regreso de los jugadores extranjeros a sus respectivos países en octubre de 1954. El seleccionado de Colombia de mayores experimentó un período de cerca de ocho años de inactividad que comenzó el 7 de mayo de 1949 y terminó el 13 de marzo de 1957 con el regreso de la selección en el Campeonato Sudamericano 1957, aunque cabe precisar que si hizo su debut en el año de 1954, la selección de Colombia juvenil en el primer Campeonato Sudamericano Sub-20 de 1954, disputado en Venezuela, entonces denominado Torneo Juventud de América, cumpliendo una buena actuación. En 2001, Colombia fue sede de la Copa América 2001, quedó encuadrada en el grupo A junto a Chile, Ecuador y Venezuela, terminó invicta con puntaje ideal ganándole a Venezuela por 2-0 con goles de Víctor Hugo Aristizábal y Freddy Grisales, 1-0 a ecuador con gol de Aristizábal y 2-0 a chile con goles de Aristizábal y Arriaga pasando a cuartos de final, en cuartos se enfrentó a Perú, Aristizábal rompió el marcador en el minuto 50 poniendo el 1:0, en el minuto 65 Hernández marcó el segundo tanto del partido y 3 minutos después Víctor Hugo Aristizábal marcó su segundo gol dejando como final un 3:0 a favor de Colombia.
Derrotó inicialmente a Perú (1-0), cayó luego ante Panamá (1-2) y después obtuvo dos victorias contra Ecuador y Venezuela, ambas por 2-1, obteniendo así la medalla de oro. Al finalizar el partido, Chile accedió a una final de Copa América después de 28 años -la anterior había sido en 1987, cuando cayó ante Uruguay por 0:1 en la final-. 16 años de ausencia de la Copa Mundial, la selección colombiana volvía así a una cita orbital. Colombia batió todos los récords al ganar la Copa de manera invicta y sin recibir goles en contra. Torneo Nacional de Ascenso, aumentando de esta manera la cantidad de equipos en primera división. En 2003, como campeones de la Copa América, a la Selección de Colombia le correspondió participar en la Copa FIFA confederaciones, la cual se disputó en 2003. El torneo comenzó el 18 de junio y concluyó el 29 de junio, por lo que el conjunto colombiano viajó hasta Francia para ocupar un cupo del grupo A formado por Francia, camiseta negra real madrid Nueva Zelanda y Japón y la escuadra nacional. Canadá llegaba como la sorpresa del torneo, luego de superar a Costa Rica y a Corea del Sur en la fase de grupos, camisetas de fútbol baratas a México en cuartos de final y a Trinidad y Tobago en semifinales.